西藏之平定
当时西藏实权，全在桑结手里。噶尔丹的内犯，实在是桑结指使他的。而且其时第五世达赖喇嘛已死，桑结秘不发丧。这些情形，都是噶尔丹死后，清圣祖才知道的，乃下诏切责。桑结旋为固始汗曾孙拉藏汗所杀。圣祖正想借他的力量，以收十藏事，而策妄阿布坦又遣兵入藏，击杀拉藏汗。先是西藏及青海，各立一六世达赖，互争真伪。至是，西藏亦承认青海所立为真。圣祖乃派兵送青海的六世达赖入藏：把策妄阿布坦的兵击退。圣祖死后，和硕特部又煽动青海的喇嘛背叛，亦为世宗打平。青海、西藏，到此就都算平定了。唯有准部，还负固不服。
准部之平定
策妄阿布坦死后，噶尔丹策零立。清朝出兵征讨，为其所败。噶尔丹策零乘机进攻蒙古，亦为喀尔喀亲王策凌[14]所败。阿尔泰山以东，乃得保全。噶尔丹策零死后，准部内乱。辉特[15]部长阿睦尔撒纳来降。高宗用为向导，出兵把准部荡平。阿睦尔撒纳又叛，亦给清朝打定。此时已是公元1757年了。
回部之平定
天山南路，在元时为察合台后王之地，清时仍有其后裔。而回教教主之后，称为和卓木[16]，居于喀什噶尔，亦极为当地人民所尊信。策妄阿布坦强盛时，曾把大小两和卓木[17]及元朝后裔，迁徙到天山北路。清平伊犁后，把大小和卓木放回。两人不服清朝，于准部平后两年，亦给清朝打定。天山南路定后，葱岭以西的国，来朝贡的很多。[18]清朝对西域的声威，以此时为最盛。